Particularmente, gosto de usar a política focus-follows-mouse em um monitor grande no qual as janelas de aplicativos estão dispostas lado-a-lado. Isto permite alternar rapidamente entre janelas movendo o mouse.

Melhor ainda quando elas não são trazidas para frente quando estão parcialmente sobrepostas, permitindo que eu veja o conteúdo de uma enquanto interajo com outra.

O focus-mode é facilmente alterado via gnome-tweak-tool. Mas e o click-to-raise=false? Fui no gconf e nada. Rodei, rodei em arquivos e nada!

Tive um trabalhinho até entender que, no gnome-shell, as configurações estão no gsettings, alterado via comando ou via dconf.

A chave para esse é org.gnome.desktop.wm.preferences